本校は１８９８年（明治３１年）、セベンスデー・アドベンチスト教会（SDA教会・プロテスタント）の宣教師、W.C.グレンジャーの和英聖書学校（東京、芝）の創立にさかのぼる。
１９２６年（大正１５年）、千葉県房総半島の美しい松林の丘のキャンパスを選び、教師、生徒の手で日本三育学院を建てユニークな三育教育をつづけてきたが、太平洋戦争において、本校の教える信仰と平和思想のため学校閉鎖の苦難を経た。
終戦とともに小中高カレッジを併設し再開したが、その後京葉地帯の都市化、工業化にともない、教育環境に変化が生じたため、新しい理想の地を求めた。１９７７年（昭和５２年）、中学・高校三育学院短期大学・カレッジから分離し、現在の「臨空田園の町」広島県大和町に移転した。